terça-feira, 25 de novembro de 2014

Plotando dados no mapa no formato "Shaded"

O código abaixo mostra com plotar dados de um arquivo NetCDF em um mapa usando Python.

# -*- coding: utf-8 -*-

__author__ = "Marcelo Rodrigues"
__credits__ = ["Aurélio Noronha", "Fco Vasconcelos", "Arthur Costa"]
__license__ = "GPL"
__version__ = "1.0"
__email__ = "marcelorodriguesss@gmail.com"

from scipy.io import netcdf
from mpl_toolkits.basemap import Basemap
from matplotlib import colors as c
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np

prate_file = "pcp.nc"
prate_data = netcdf.netcdf_file(prate_file, 'r')
# print(prate_data.variables)
lon = prate_data.variables['longitude'][:]
lat = prate_data.variables['latitude'][:]
time = prate_data.variables['time'][:]
pcp = prate_data.variables['pcp'][:]

m = Basemap(projection='cyl', llcrnrlat=lat[1], urcrnrlat=lat[-2], llcrnrlon=lon[1], urcrnrlon=lon[-2], resolution='h')

my_colors = ('#b43214', '#f05a32', '#ff9141', '#ffd750', '#fff0b4', '#e6ffe6', '#aae6b4', '#6ee66e', '#06be0a', '#058c00', '#005000', '#002300')
lons, lats = np.meshgrid(lon, lat)
x, y = m(lons, lats)
clevs = (0., 200., 400., 600., 800., 1000., 1200., 1400., 1600., 1800., 2000.)
bounds = clevs
my_cmap = c.ListedColormap(my_colors)
cs = plt.pcolormesh(x-2.8125/2., y-2.8125/2., pcp[0, :, :], cmap=my_cmap)

m.drawparallels(np.arange(-90., 90., 30.), labels=[1,0,0,0], linewidth=0., fontsize=10)
m.drawmeridians(np.arange(0., 360., 40.), labels=[0,0,0,1], linewidth=0., fontsize=10)
m.drawcountries(linewidth=0.5)
m.drawcoastlines(linewidth=0.5)
# m.drawstates(linewidth=0.5)

bar = m.colorbar(cs, location='bottom', pad="8%", ticks=clevs, boundaries=bounds, spacing='uniform', extendfrac='auto')
plt.title('Acumalated Precipitation')
figname = 'accum_precip.png'
print('Salvando figura:', figname)
# plt.show()
plt.savefig(figname)
plt.close()











quarta-feira, 3 de setembro de 2014

Instalando o OpenGrADS no Windows 7

O Grid Analysis and Display System (GrADS) é uma ferramenta de trabalho interativa para facilitar o acesso, manipulação e visualização de dados de ciências da terra. O Projeto OpenGrADS procura desenvolver interfaces avançadas e extensões baseadas no motor principal do GrADS.

GrADS: http://grads.iges.org/grads/

OpenGrADS: http://opengrads.org/

Tutorial também disponível no link abaixo para a plataforma Linux:

http://www.unixlike.com.br/2014/07/instalando-o-opengrads-no-linux.html

Instalação:

Passo 1 - Faça download do OpenGrADS no link abaixo:


Passo 2 - Para começar a instalação, vá para a pasta onde o arquivo foi salvo e clique duas vezes sobre o arquivo: "grads-2.0.2.oga.2-win32_superpack.exe"














Passo 3 - A instalação começa solicitando o idioma que será usado:






 Passo 4 - Em seguida a tela de boas-vindas, clique no botão "Next":



Passo 5 - Para aceitar os termos de uso marque a opção "I accept the agreement" e clique em "Next":

















Passo 6 - Na janela seguinte clique em "Next":


















Passo 7 - O OpenGrADS será instalado no diretório "C:\OpenGrADS" (Isso é recomendado), clique em "Next":


















Passo 8 - Na janela seguinte clique em "Next":

















Passo 9 - Em seguida, marque a opção "Add application directory to your path" e clique em "Next":


















Passo 10 - Então clique em "Install" para iniciar a instalação:





















Passo 11 - Em seguida clique em "Next"


















Passo 12 - E depois clique em "Finish":


















Passo 13 - Após a instalação para abrir o OpenGrADS vá em "Iniciar -> Todos os Programas -> OpenGrADS 2.0 -> GrADS Prompt"





















Nota: Em alguns casos ao tentarmos abrir o OpenGrADS, o terminal abre corretamente porém a janela gráfica para plotar as variáveis não abre e o terminal fecha repentinamente. Para resolver esse problema, recomendo instalar o programa Xming. Após a instalação do Xming, antes de iniciar o OpenGrADS inicie o Xming.

Download do Xming: http://sourceforge.net/projects/xming/

segunda-feira, 1 de setembro de 2014

Adicionando e atualizando os repositórios Debian 7 (Wheezy)

Os comandos abaixo devem ser executados no terminal como administrador do sistema (root).

Passo 1 - Abrir o arquivo "/etc/apt/sources.list" 

$ pico /etc/apt/sources.list

Apagar todo o conteúdo do arquivo e substituir pelas linhas abaixo:

deb http://ftp.br.debian.org/debian/ wheezy main contrib non-free
deb http://security.debian.org/ wheezy/updates main contrib non-free
deb http://ftp.br.debian.org/debian/ wheezy-updates main contrib non-free

Salve e feche o arquivo.

Passo 2 - Após editar o arquivo "/etc/apt/sources.list" atualize a lista de pacotes com o comando abaixo:

$ apt-get update

Pronto! 

domingo, 31 de agosto de 2014

Instalando o ORACLE Java 7 no Debian Wheezy

Os comandos abaixo devem ser executados como administrador do sistema (root).

Passo 1 – Adicione o repositório abaixo ao arquivo "/etc/apt/sources.list". Exemplo:

# vim /etc/apt/sources.list

Adicione as linhas abaixo:

deb http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu precise main
deb-src http://ppa.launchpad.net/webupd8team/java/ubuntu precise main

Salve e feche o arquivo "/etc/apt/sources.list".

Passo 2 – Em seguida, atualize a lista de pacotes.

# apt-get update

Passo 3 – Instale o Java (É necessário aceitar a licença).

# apt-get install oracle-java7-installer

Passo 4 - Após a instalação, defina variáveis de ambiente com o comando abaixo e escolha a opção correta.

# apt-get install oracle-java7-set-default

Passo 5 - Testar. Se tudo correu bem, o Java já está instalado.
Para testar podemos usar a página de teste oficial:

http://www.java.com/en/download/testjava.jsp

Passo 6 – Outras dicas:

Verificar que versões do Java estão instaladas

# update-java-alternatives --list

Verificar a versão do java

# java -version

Selecionar outra versão

# /usr/sbin/update-alternatives --config java


FONTE: http://gracianotorrao.com/2013/06/01/instalar-o-oracle-java-7-no-debian-wheezy-install/

sexta-feira, 29 de agosto de 2014

Instalando FERRET NOAA Versão 6

Ferret (http://www.ferret.noaa.gov) é uma ferramenta de visualização interativa e análise de ambiente projetado para atender as necessidades dos oceanógrafos e meteorologistas em analisar grandes e complexos conjuntos de dados em grade.

A instalação a seguir funcionou nos sistemas operacionais Linux (Debian 7) e MacOS Intel (10.5, 10.6 e 10.7)

O C Shell é necessário para instalação do Ferret. Para verificar se o pacote está instalado basta digitar no terminal:

$ csh

ou

$ tcsh

Para sair digite: exit

Se o C Shell não estiver instalado, como administrador do sistema,  instale o pacote "tcsh" antes de iniciar a instalação do Ferret. Exemplo abaixo é para Linux:

# apt-get update

# apt-get install tcsh


Siga os passos abaixo para instalação usando o Terminal:

1 – Crie os diretórios abaixo:

$ mkdir -v ~/ferret

$ mkdir -v ~/ferret/fer_dsets


2 - Baixe os arquivos executáveis do Ferret e salve no diretório "~/ferret".

Linux 32 bits: http://1drv.ms/1tSzoiQ

Linux 64 bits: http://1drv.ms/1tSzA1t

Mac OS Intel: http://1drv.ms/1tSzF5b


3 - Após download, descompacte o arquivo conforme a  versão escolhida. Exemplo abaixo é para Linux 32 bits.

$ cd ~/ferret/

$ tar -xzf Ferret-v6.9-32bits.tar.gz

$ ls -l

Os arquivos fer_dsets.tar.gz, fer_environment.tar.gz e fer_executables.tar.gz irão aparecer no diretório.


4 - Após descompactar, mova o arquivo "fer_dsets.tar.gz" para "~/ferret/fer_dsets". Exemplo:

$ cd ~/ferret

$ mv fer_dsets.tar.gz ~/ferret/fer_dsets/


5 - Depois descompacte os arquivos "fer_environment.tar.gz" e "fer_dsets.tar.gz". Exemplo:

$ cd ~/ferret/

$ tar -xzf fer_environment.tar.gz

$ cd ~/ferret/fer_dsets/

$ tar -xzf fer_dsets.tar.gz


6 - Em seguida, acesse o diretório "~/ferret/bin" e execute o script "Finstall". Exemplo:

$ cd ~/Ferret/bin/

$ chmod 755 Finstall

$ ./Finstall


Escolha a opção "1" e informe o caminho absoluto para o arquivo "fer_executables.tar.gz".
Em seguida digite "3" para sair.

Se o "HOME" do seu usuário é "/home/user" (representado por "~") o caminho absoluto para o arquivo "fer_executables.tar.gz" será: "/home/user/ferret/"


7 - Faça uma cópia do arquivo "ferret_paths_bash_template" que está no diretório "~/ferret/bin/". Exemplo:

$ cd ~/ferret/bin/

$ cp  ferret_paths_template.sh  ferret_paths


8 - Abra o arquivo "ferret_paths" com seu editor de texto preferido e edite a variável "FER_DIR" conforme o exemplo abaixo:

$ cd ~/ferret/bin/

$ vim ferret_paths

Mude:

export FER_DIR="/usr/local/ferret"

Para:

export FER_DIR="~/ferret"

Salve as alterações e feche o arquivo "ferret_paths" !


9 - No Linux, edite o arquivo "~/.bashrc" com seu editor de texto preferido. 

vim  ~/.bashrc

E no final do arquivo adicione a linha abaixo:

source ~/ferret/bin/ferret_paths

Salve e feche o arquivo "~/.bashrc" !


Nota: No MaxOS Intel edite o arquivo "~/.bash_profile" com seu editor de texto preferido. 

vim  ~/.bash_profile

E no final do arquivo adicione a linha abaixo:

source ~/ferret/bin/ferret_paths

Salve e feche o arquivo "~/.bash_profile" !


10 - Agora abra um novo terminal e digite:

$ ferret -nojnl





segunda-feira, 7 de julho de 2014

Instalando o OpenGrADS no Linux

Grid Analysis and Display System (GrADS) é uma ferramenta de trabalho interativa para facilitar o acesso, manipulação e visualização de dados de ciências da terra. O Projeto OpenGrADS procura desenvolver interfaces avançadas e extensões baseadas no motor principal do GrADS.

GrADS: http://grads.iges.org/grads/

OpenGrADS: http://opengrads.org/

Tutorial também disponível no link abaixo para a plataforma Windows:

http://www.unixlike.com.br/2014/09/instalando-o-opengrads-no-windows-7.html


Instalação no Linux:

Passo 1
Faça download do OpenGrADS (http://opengrads.org/) e salve no diretório "Home" do seu usuário. Os comandos abaixo devem ser executados no terminal no Linux.

# cd /home/usuario

32 bits
# wget http://downloads.sourceforge.net/project/opengrads/grads2/2.0.2.oga.1/Linux/grads-2.0.2.oga.1-bundle-i686-pc-linux-gnu.tar.gz

64 bits
# wget http://downloads.sourceforge.net/project/opengrads/grads2/2.0.2.oga.1/Linux/grads-2.0.2.oga.1-bundle-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz 

Passo 2
Ainda no terminal, descompacte o arquivo do OpenGrADS após download.

# cd /home/usuario

32 bits
# tar -xzvf grads-2.0.2.oga.2-bundle-i686-pc-linux-gnu.tar.gz

64 bits
# tar -xzvf grads-2.0.2.oga.1-bundle-x86_64-unknown-linux-gnu.tar.gz

Após descompactar, o diretório "grads-2.0.2.oga.1" surgirá. Verifique usando o comando "ls -l" no terminal para listar os arquivos.

# ls -l /home/usuario

Passo 3
Coloque os executáveis do GrADS no "PATH" do sistema. Para isso edite o arquivo ".bashrc" localizado no "Home" do seu usuário.

# vim /home/usuario/.bashrc

ou

# gedit /home/usuario/.bashrc

E coloque as linhas abaixo no final do arquivo ".bashrc", depois salve e saia do arquivo.

export PATH=/home/usuario/grads-2.0.2.oga.1/Contents:$PATH
export GADDIR=/home/usuario/grads-2.0.2.oga.1/Contents/Resources/SupportData
export GASCRP=$GADDIR

Passo 4
Agora basta abrir um novo terminal e digitar "grads -l" para abrir o OpenGrADS!